O Debootstrap instala um sistema muito básico, apenas os pacotes absolutamente essenciais. Não há praticamente nada a ser removido e certamente não é uma instalação completa do Ubuntu. Então, basta instalar todo o software que você deseja usar.
Usando um chroot com debootstrap você pode instalar, por exemplo, o Ubuntu 14.04 com
sudo debootstrap trusty /var/chroot/trusty http://archive.ubuntu.com/ubuntu
Isso, como eu entendo, instalará uma instalação básica do 14.04. Existe alguma maneira de instalar a edição do Ubuntu 14.04 Server no ambiente chrooted?
Para uma resposta, eu gostaria que não fosse possível, ou como fazê-lo - não "Instalar 14.04 e remover coisas que você não precisa"
O Debootstrap instala um sistema muito básico, apenas os pacotes absolutamente essenciais. Não há praticamente nada a ser removido e certamente não é uma instalação completa do Ubuntu. Então, basta instalar todo o software que você deseja usar.