O PlayOnLinux usa scripts para instalar jogos do Windows em seu computador e executá-los no Wine. Os scripts baixam e instalam várias bibliotecas específicas do Windows que seus jogos podem precisar e fazem com que seu jogo seja executado por uma certa versão do Wine - normalmente uma que o autor do script sabe que funciona com o jogo - e certas configurações do Wine é executado no modo 'Windows XP' ou no modo 'Windows 7').
O jogo instalado com as bibliotecas específicas e a versão do Wine são colocadas em um 'Wineprefix' que é uma determinada pasta no seu computador que executa programas com essas bibliotecas e a versão do Wine. Eles estão localizados em ~/.playonlinux/wineprefix .
É claro que entender como o próprio Wine funciona é uma questão completamente diferente. Você pode aprender mais sobre o próprio Wine aqui .
Fontes:
Conhecimento próprio da entrada da Wikipedia PlayOnLinux