Por acaso, posso fazer isso com imagemagick . Se você não tem, instale simplesmente com:
sudo apt-get install imagemagick
Nota 1 :
Eu tentei isso com um pdf de uma página (estou aprendendo a usar imagemagick , então eu não queria mais problemas do que o necessário). Não sei se / como funcionará com várias páginas, mas você pode extrair uma página de interesse com pdftk :
pdftk A=myfile.pdf cat A1 output page1.pdf
onde você indica o número da página a ser dividida (no exemplo acima, A1 seleciona a primeira página).
Nota 2 :
A imagem resultante usando este procedimento será uma varredura.
Abra o pdf com o comando display , que faz parte do pacote imagemagick :
display file.pdf
Meu parecido com isto:

Cliquenaimagemparaverumaversãoemresoluçãocompleta
Agoravocêclicanajanelaeummenuapareceaolado.Lá,selecioneTransform|Recorte.
De volta à janela principal, você pode selecionar a área que deseja cortar, simplesmente arrastando o ponteiro (seleção clássica de canto a canto).

Observeoponteiroemformademãoaoredordaimagemenquantoseleciona
Estaseleçãopodeserrefinadaantesdeprosseguirparaapróximaetapa.
Quandoterminar,observeopequenoretânguloqueaparecenocantosuperioresquerdo(vejaaimagemacima).Elamostraasdimensõesdaáreaselecionadaprimeiro(porexemplo,281x218)eassegundascoordenadasdoprimeirocanto(porexemplo,+256+215).
Anoteasdimensõesdaáreaselecionada;vocêprecisarádissonomomentodesalvaraimagemcortada.
Agora,devoltaaomenupop(queagoraéomenu"crop" específico), clique no botão Crop .

Finalmente,quandoestiversatisfeitocomosresultadosdocorte,cliquenomenuFile|Salvar
Navegueatéapastaondedesejasalvaropdfrecortado,digiteumnome,cliquenobotãoFormato,najanela"Selecione o tipo de formato de imagem", selecione PDF e clique no botão Selecionar . De volta à janela "Procurar e selecionar um arquivo", clique no botão Salvar .

Antesdesalvar,imagemagickpedirápara"selecionar a geometria da página". Aqui, você digita as dimensões de sua imagem recortada, usando uma simples letra "x" para separar largura e altura.

Agora,vocêpodefazertudoissoperfeitamenteapartirdalinhadecomando(ocomandoéconvertcomaopção-crop)-certamenteémaisrápido,masvocêprecisasaberdeantemãoascoordenadasdaimagemquedesejaextrair.Verifiqueomanconverteo um exemplo na página da Web .