O Ubuntu MATE ainda é o Ubuntu e usa os mesmos pacotes e compartilha a maioria das configurações do sistema. Você pode aplicar a maioria das dicas e ajustes aqui também. (Como instalar ubuntu-restricted-extras, procurando por drivers proprietários, atualizando o sistema, etc.)
Quanto à personalização da aparência da área de trabalho, procure as dicas de personalização do Linux Mint MATE. Essas dicas também são aplicáveis ao Ubuntu MATE.