Você faz isso usando práticas comerciais comuns:
- Leia os avisos de segurança do Ubuntu
- Mantenha backups do sistema do seu sistema (você é definitivamente o tipo de usuário 4)
- Ter um sistema de teste (virtual ou não) para testar as atualizações antes de implementá-las
- Use senhas seguras e não as reutilize.
- Instale o software de maneira inteligente e mantenha-o atualizado também.
- etc ...