Resposta curta: mantenha o padrão de ext4, a menos que você saiba por que deseja algo diferente. O instalador do Ubuntu oferece a opção de criptografar sua partição usando o LUKS, mas se você quiser usar o TrueCrypt, você deve criptografar a partição antes de instalar! Note que TrueCrypt não está mais sendo desenvolvido e é incerto se ainda é seguro. TrueCrypt foi bifurcado sob o nome de VeraCrypt . O Ubuntu pode ler o NTFS para que fique bem. No entanto, o Windows não pode ler o ext4 sem drivers de terceiros e, portanto, não pode ler sua partição do Ubuntu.