Parece que grep -w
não atende às linhas A.0 porque o arquivo X.txt possui espaços à direita nessa linha (quebrando o requisito de limite de palavras de -w). Experimente o sinalizador "padrões de sequência fixa", -F
grep -Ff X.txt Y.txt
Isso também funciona porque os arquivos são classificados:
join X.txt Y.txt