Eu configuraria seu disco usando o LVM2 para que você possa criar partições virtuais e redimensioná-las conforme necessário. Volumes lógicos são fáceis de configurar, remover e redimensionar. Sem o incômodo que as partições comuns têm, como você configurou agora. Eu também consideraria o uso de sistemas de cotas no sistema de arquivos em vez de partições diferentes. O sistema de arquivos não importa muito, o uso do ext4 seria uma aposta segura.
Quanto ao compartilhamento de sistemas de arquivos, eu examinaria o Samba e o NFS. Samba para máquinas MS Windows e NFS para Mac e Linux.
Mídia, eu não tenho ideia, pois nunca usei o Plex.