Você pode tentar alterar as permissões desse programa. Não sei se você pode impedir que um usuário veja o arquivo, mas você pode definitivamente remover sua permissão para executá-lo.
Você pode remover todos, exceto os proprietários, para ler, escrever e executar o programa.
# removing read, write, execute privileges of "group" and "other" from the program file.
sudo chmod go-rwx <program file>
Se você quiser que alguém possa ler, escrever ou executar esse arquivo, você pode dar ao arquivo de programa "permissões de grupo" e adicionar os usuários desejados a esse grupo de arquivos.
sudo chmod g+rwx <program file>
sudo useradd -G <UserToAddToGroup> <NameOfFilesGroup>
Acho que se você gastar um pouco de tempo para aprender a estrutura de permissões, conseguirá realizar o que está querendo fazer.
Além disso, o IIRC provavelmente poderia usar sudoers para atingir seus objetivos também. Isso seria mais complicado e exigiria alguma leitura.
Você pode modificar os sudoers com: sudo visudo
Espero que isso ajude.