Sim, usar ppa-purge
substituirá todos os pacotes daquele ppa pelos pacotes padrão mais atuais dos repositórios do Ubuntu.
O "Y PPA Manager" apenas facilita a localização do ppa, pois você não precisa digitar o nome na linha de comando, ele ainda chama ppa-purge
durante a execução.
Seja PACIENTE durante a execução do programa, pode demorar um pouco para concluir cada etapa. Enquanto cada passo está sendo executado, parece que a purga está congelada. NÃO elimine o programa ou desligue o computador durante a execução, embora ainda seja possível corrigi-lo após uma purga parcial, será uma grande dor de cabeça e deve ser evitado. Para um grande ppa, o tempo para completar pode ser de mais de 10 minutos. Mais tempo se você tiver uma conexão lenta com a internet, já que todos os pacotes terão que ser baixados.
Quanto ao título da sua pergunta "Como eu", eu recomendaria o "Y PPA Manager". Caso contrário, você precisará digitar 'ppa-purge ppa: {nome do ppa aqui}, então você deve conhecer o exato nome para fazê-lo pelo terminal. Y PPA só vai cuidar disso para você.