Eu não acho que um gerenciador de arquivos tenha nada a ver com velocidade. É mais sua velocidade de leitura / gravação na unidade. seu processador, memória e cache estão fatorando em algum lugar também.
Se estivéssemos falando de drive USB, então teríamos que levar em consideração a largura de banda USB e se qualquer coisa compartilha o mesmo barramento (como um pi framboesa. USB e rede usam o mesmo barramento, então se você transferir arquivos remotamente, pouco de um gargalo, mas eu discordo)
Além disso, cortar / colar tende a ser mais rápido, já que não precisa fazer todas essas cópias desagradáveis também.
Edit: Eu acho que depois de pensar que é possível obter desempenho melhor / pior de diferentes gerenciadores de arquivos, mas eu acho que seria tão minúsculo que não seria notado, a menos que algo esteja errado com o código do gerenciador de arquivos. Os gerenciadores de arquivos podem fazer as coisas de maneira diferente, mas, novamente, a diferença de velocidade seria mínima, suspeito.