O script de configuração do sqlite parece procurar uma instalação do Tcl da seguinte forma:
checking for Tcl configuration... found /usr/lib/tclConfig.sh
checking for existence of /usr/lib/tclConfig.sh... loading
Este script de shell origina um ambiente adequado, como INCLUDE e LIB directives, mas é fornecido pelo tcl-dev meta package , em vez do pacote específico tcl8.6-dev que você instalado.
Se você instalar o pacote tcl-dev meta e fizer uma compilação limpa, os componentes do Tcl deverão estar localizados sem a necessidade de definir outras variáveis no comando make .
O script tclConfig.sh parece ser o equivalente do mecanismo mais genérico pkg-config do Tcl.