Eu acho que você é uma das vítimas do Gnome3 ppa. Isso acontece quando você atualiza seu sistema com o gnome3 ppa. No meu caso, seguindo comando trouxe de volta ícones do menu.
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.xsettings overrides "{'Gtk/ButtonImages': <1>, 'Gtk/MenuImages': <1>}"