Quando eu entendi direito você está executando um novo Ubuntu instalado em seu hardrive interno e você tem problemas para montar o seu hardrive externo (inalterado) onde você armazena seus arquivos do Windows. Qual sistema de arquivos você usa no hardrive externo e tem várias partições.
Eu experimentei alguns problemas com hardrives externos quando não foram desmontados em outros computadores ou sistemas operacionais. Especialmente quando o hardrive foi formatado com NTFS. Se assim for, tente montar partição em outro computador (windows) e desmonte de forma limpa. Isso resolveu meus problemas na maioria dos casos.