Por que isso acontece?
As partições sem sistema não são montadas na inicialização. Seu sistema sabe que as partições estão presentes (o ícone do disco é mostrado), mas elas ainda não estão acessíveis através do sistema de arquivos.
Os gerenciadores de arquivos montam automaticamente partições quando você clica nelas. Eles são montados em /media/username/... . É por isso que você os vê apenas depois de clicar neles, porque o nautilus os montou quando você clicou neles.
Mais informações sobre o que é a montagem
O que posso fazer para vê-los imediatamente?
Você pode definir facilmente uma partição para automontagem na inicialização do sistema. Uma das maneiras é usar o utilitário de discos. Mais informações sobre como definir uma partição para montagem automática na GUI