Dado que você tem um arquivo de vídeo que deseja tornar menor, eu usaria o ffmpeg para recodificá-lo. Ele transmite o vídeo, então não precisa carregar a coisa toda em memória RAM.
O ffmpeg tem muitas opções que você pode encontrar na man page e você pode encontrar muitos exemplos online.
Se você tem apenas um arquivo de vídeo,
ffmpeg -i movie.avi -vcodec mp4 -b 2M movie.conv.mp4
deve fornecer um arquivo de vídeo mp4 menor que você pode carregar no kdenlive com o áudio para sincronizar.
Você também pode usar o ffmpeg para misturar o vídeo e o áudio em um único arquivo. Como você pode querer apenas compensar a hora de início do áudio, isso não seria difícil.