Sim, você pode.
Para fazer backup, basta copiar / colar os arquivos .deb.
Para instalar, copie-os de volta para os arquivos no novo sistema ou use o comando dpkg -i *.deb
.
PS: Se as duas máquinas estiverem na mesma rede, use o netcat conforme descrito aqui .
PSS: Outra ferramenta para usar na rede local é o apt-cache-ng .