Use dois caracteres percentuais.
[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Icon=vinagre
Name=RDP
Exec=/usr/bin/rdesktop -g 90%%x90%% SomeHostName
Especificação de entrada na área de trabalho: link
Como posso usar um caractere de porcentagem na linha Exec de um arquivo .desktop? O exemplo a seguir não é executado.
[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Icon=vinagre
Name=RDP
Exec=/usr/bin/rdesktop -g 90%x90% SomeHostName