Para os links simbólicos para bibliotecas que eu encontrei no meu sistema, os links eram todos relativos e não absolutos:
lrwxrwxrwx 1 root root 14 Aug 9 03:52 libwine.so -> libwine.so.1.0
lrwxrwxrwx 1 root root 14 Aug 9 03:52 libwine.so.1 -> libwine.so.1.0
Então, parece que o Makefile deve fazer um cd
para a pasta da biblioteca e criar links simbólicos relativos:
cd $(DESTDIR)/usr/lib
ln -s ${CND_ARTIFACT_NAME_${CONF}}.$(version).0.0 ${CND_ARTIFACT_NAME_${CONF}}
ln -s ${CND_ARTIFACT_NAME_${CONF}}.$(version).0.0 ${CND_ARTIFACT_NAME_${CONF}}.$(version)
cd -