apt-mirror usa a porta 21 [cortesia do ProFTPd] (todas as portas abaixo de 1024 exigem raiz) e armazena informações em /etc , /var ou /opt . Como nenhum desses locais é gravável pelo usuário, sudo é necessário.
Você pode conseguir fazer apt-mirror store em um local ao qual tem acesso de gravação, como /home/$USER/.local-repo . O sudo ainda será necessário para instalar programas a partir do seu espelho.
O ProFTPd é executado como um daemon, então você não precisa se preocupar com isso.