Se você estiver no Ubuntu padrão ou no Ubuntu GNOME, basta remover o botão "Fechar" da lista, deixando apenas minimizar e maximizar:
$ gsettings get org.gnome.desktop.wm.preferences button-layout
'close,minimize,maximize:'
Então faça:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.preferences button-layout 'minimize,maximize:'