Ok, resolvi. Usando usb-stick e gparted do ubuntu, movi / redimensionei a partição de inicialização e raiz até que eu as colocasse corretamente alinhadas. Eu verifiquei depois com o comando align-check opt mencionado na minha pergunta. Agora tudo na unidade SSD parece estar bem.
Nota: A partição de inicialização em movimento requer a reinstalação do grub.
Só para mencionar. O mau alinhamento provavelmente veio do particionamento usando o "utilitário de disco" do Ubuntu. Pode ser que eu estraguei alguma coisa, mas ainda é possível que, em comparação com o gparted, o utilitário de disco não se importe muito com o alinhamento adequado. Então, minha sugestão é usar o parted / gparted.
Não tenho certeza se foi necessário, mas "alinhado" é muito melhor do que "não alinhado":)