Sabemos que você não gosta do Caliber ... mas já tentou a ferramenta de conversão do CLI?
A instalação do Calbire fornece o comando "ebook-convert" que irá lidar com o que você quer, e não há necessidade de executar o Calibre.
ebook-convert file.pdf file.epub
é tudo o que é necessário.
Se a saída parece um pouco errada - tente isso
ebook-convert file.pdf file.epub --enable-heuristics
Ele tentará uma maneira "inteligente" de converter. Não é perfeito, mas pode funcionar bem na maioria das conversões.