A primeira coisa a verificar é se a pasta Lixo / Lixeira está cheia - se estiver, esvazie-a.
Existem algumas coisas que você pode fazer para descobrir o que está usando seu espaço em disco.
Use a ferramenta Gnome Partition Editor GParted para verificar se o tamanho da partição é o que você acha que é.
Você pode instalá-lo no Ubuntu Software Center (pesquise "gparted") ou em um terminal:
sudo apt-get install gparted
Você deve então poder encontrá-lo no Menu, como "GParted" ou "Editor de Partições". Você pode precisar digitar sua senha para executá-lo. Isso mostrará seu disco e o tamanho de cada partição.
Se você tiver mais de um disco rígido instalado, selecione o apropriado na parte superior direita da tela.
Se decidir fazer alterações nas suas partições com esta ferramenta (ou qualquer outra), certifique-se de fazer o backup de qualquer coisa que queira manter antes de começar.
Existe também a ferramenta Disk Usage Analyzer, que tem o nome incomum "baobab". Se não for instalado por padrão, instale através do Centro de Software ou de um terminal com
sudo apt-get install baobab
Este programa funciona melhor se for executado como root, porque existem certos arquivos que não são visíveis para usuários normais. Execute este comando (ALT + F2)
pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY baobab
e digite sua senha.