.svn
está oculta por padrão. Você só tem que torná-lo visível (mostrar pastas / arquivos ocultos) no FileZilla do que você pode removê-lo adequadamente.
Veja:
Version 2.x – View > Show hidden files
Version 3.x – Server > Force showing hidden files
Espero que funcione.Mas se a pasta .svn não aparecer nesse caso, o FileZilla não poderá excluí-las porque o servidor não mostra esses arquivos para o cliente ftp. Referência: aqui