O mais provável é que o novo kernel não tenha os módulos que vêm com o driver proprietário e não use seus arquivos de configuração. Se você ainda tiver o menu de inicialização que vem com uma instalação padrão do Ubuntu, então você pode escolher "Modo de recuperação". No próximo menu, escolha inicializar no modo de segurança, e se o Ubuntu perguntar se você deseja criar um novo arquivo de configuração, apenas permita que ele faça isso. Deveria haver outras maneiras de gerar nova configuração (como excluir alguns arquivos de ponto), mas eu apenas conheço esse caminho.
Então, quando tudo estiver OK, reinstale o driver gráfico.
Editar: para inicializar no modo de recuperação, consulte a pergunta Como evitar que o GRUB use / inicie uma interface gráfica?