Não é necessário chroot primeiro, basta montar o / e depois copiar o arquivo. Certifique-se de que o proprietário UID / GID seja o mesmo.
Abra o terminal e execute este comando:
sudo cp /home/ubuntu/org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys.gschema.xml /mnt/usr/share/glib-2.0/schemas/
assumindo /mnt onde você montou seu / original.