Isso pode ser feito usando apt-get
facilmente.
Primeiro, crie uma lista de fontes que contenha apenas um repositório de segurança.
grep security /etc/apt/sources.list | sudo tee /etc/apt/sources.seurity.list
Agora atualize seu sistema usando esta lista
apt-get upgrade -o Dir::Etc::SourceList=/etc/apt/security.sources.list
Eu não tenho 100% de certeza sobre o synaptic, mas o synaptic tem uma seção de repositório de segurança quando a opção origin está selecionada. Pode ser usado para selecionar atualizações de segurança.