Você usa algum sabor do Linux no servidor?
- Usar um sistema de arquivos de registro no diário no servidor deve atenuar o problema de arquivos perdidos (o Windows possui NTFS, o Linux possui ext3, ext4 e outros).
- O uso de um no-break seria ainda melhor nesse caso, já que os computadores tendem a quebrar quando freqüentemente perdem energia. Há UPS barato disponível em todo o mundo.
- Fazer backups completos não é uma boa ideia, uma boa solução de backup implementaria, por exemplo, um backup completo diário e incrementos por hora. Soluções que fazem desduplicação não têm esse problema. Você também pode usar o LVM no servidor e tirar instantâneos.