Corrija-me se estiver errado, mas se o sistema de arquivos estiver danificado, a única opção é formatar a unidade. Quando criei o pen drive de backup de um chromebook, algo deu errado, então tive que formatar e criar uma nova partição nesse pen drive com o gparted. Você sempre pode tentar usar o comando dd. Mais informações aqui: link .
Se você quiser tentar recuperar os arquivos, sugiro este software de recuperação: link
ou kit de ferramentas de recuperação Gzip (centro de software do Ubuntu).