Você tentou usar o gparted?
sudo apt-get install gparted
Abra o Gparted
sudo gparted
No canto superior direito, selecione seu drive usb, provavelmente será sdb, clique com o botão direito do mouse na janela principal e desmonte se necessário. Clique com o botão direito novamente e selecione excluir e depois clique com o botão direito do mouse uma última vez no espaço não alocado e selecione novo. Agora você só precisa configurar a partição USB para atender às suas necessidades.
Se você ainda estiver com problemas usando o gparted, você pode sempre preencher a unidade, ou seja, limpar completamente a unidade, escrevendo todos os zeros.
sudo fdisk -l
procure a localização do sdX para o seu stick USB.
dd=if/dev/zero of=/dev/sdX
Isso pode demorar um pouco dependendo do tamanho do seu pendrive e da velocidade do seu PC, etc ... Não se preocupe se você ver um cursor piscando, apenas dê tempo, eu fiz um mp3 player de 2gig e demorou uma hora e meia.
Agora abra o utilitário gparted ou disk e veja se a unidade está funcionando corretamente.