Essencialmente, sim. Quando você faz o download de um arquivo da Internet, você está pegando os dados que estão dentro do arquivo.
O que você não está conseguindo são as permissões que são aplicadas ao arquivo. Isso é feito no seu sistema de arquivos local.
Para tornar um arquivo executável em seu sistema local, entre em um terminal e execute
chmod +x filename.sh
Isso diz ao seu sistema de arquivos para tratar esse arquivo em particular como executável.
Há uma boa razão para isso. Suponha que você baixasse um arquivo que tivesse permissões permitindo que qualquer pessoa em seu computador o executasse. Isso é um risco de segurança claro.