Eu proponho duas soluções
wmctrl
Instale o pacote wmctrl e redimensione sua janela com
wmctrl -r string -e 0,left,up,width,height
onde string é uma subseqüência do título da janela, (left,up) são as coordenadas de tela desejadas no canto superior esquerdo da janela e (width,height) são as dimensões da janela desejada.
Para uma escolha mais precisa da janela, execute wmctrl -l , que lhe dará uma lista de registros contendo o ID da janela, o número da tela e o título da janela. Então você pode redimensionar uma janela específica por ID com
wmctrl -i -r ID -e 0,left,up,width,hight
Mais informações na página man wmctrl .
devilspie
Instale o pacote devilspie e, em seguida, crie a pasta ~/.devilspie e um arquivo my-name.ds nesta pasta, com o conteúdo:
(if (is (window_name) "My Window") (geometry "widthxheight+left+up"))
execute devilspie para redimensionar sua janela.