clique com o botão direito no arquivo de saída e na aba permissões marque a opção "Permitir execução do arquivo como programa" para torná-lo um programa executável.
no uso do terminal:
$ chmod +x myoutput
O que você deve fazer?
Você não pode executar o arquivo .c de saída compilado no Ubuntu na janela gráfica. você precisa instalar o Qt Creator . É um IDE completo com um designer de formulários visuais, editor de código, e depurador.
Você não precisará usar o console para compilar ou executar seus aplicativos e o framework Qt será fácil de aprender e usar.
Há um ótimo tutorial para começar a usar o Qt