A solução era configurar o namespace da caixa de entrada para não usar prefixo, por padrão, isso é comentado e seria razoável que, sendo comentado, ele não precisasse ser explicitamente definido como nada.
Uma vez que eu descomentei as configurações padrão no namespace e reiniciei o Dovecot, funcionou muito bem. Não há mais falhas no Android, as pastas de e-mail foram movidas para pastas de nível superior e não para subpastas da Caixa de entrada.
O único problema veio com o Roundcube, que teve dificuldade em ver quais pastas de correio eram para qual finalidade. Eu tive que explicitamente configurá-los através do aplicativo da web, mas isso é provável porque eu estava usando a mesma instalação do roundcube para testes e provavelmente fiquei confuso.