A maneira mais fácil de fazer isso é abrir o nautilus, (o programa onde você visualiza seus arquivos), ir ao seu diretório inicial e pressionar Ctrl + H. Isso mostrará os arquivos ocultos, e você pode clicar duas vezes em .wine para abri-lo. Em .wine, deve haver uma pasta chamada algo semelhante a drive_c. Se você clicar nele, verá os arquivos do programa e os arquivos do programa deverão conter a pasta que você está procurando. Você pode excluí-lo.
Espero que ajude.
Para fazer isso no terminal, pressione Ctrl + Alt + T e digite o seguinte:
ls -a "/home/<enter your username here>/.wine/drive_c/Program Files"
Isso mostrará a lista de diretórios em seus arquivos de programa. Escolha o que você deseja excluir e digite
sudo rm "/home/<enter your username here>/.wine/drive_c/Program Files/<enter name of folder to delete here>"
Todos os comandos no terminal fazem distinção entre maiúsculas e minúsculas, a menos que você especifique o contrário.