root, como usuário, possui uma senha desativada para sua proteção. Para executar um programa como root, use sudo ou gksudo , se o programa for baseado em terminal ou gráfico. Por exemplo, para editar seu arquivo rc.local, você abriria um terminal e digitaria gksudo nano /etc/rc.local
A senha para executar itens com as permissões de root é a mesma senha com a qual você se conectou.
Existem métodos para habilitar "root" como um usuário - se você tiver uma necessidade para isso, você encontrará os links apropriados.