Descobri isso :) :):)
O problema foi a opção --noconsole ausente. O console do servidor Minecraft está ativado por padrão e recebeu alguns comandos que não deveria receber, então ele respondeu "<" toda vez e esta saída foi canalizada para o arquivo de log constantemente.
Agora, meu script upstart se parece com isso e funciona bem:
start on runlevel [2345]
stop on runlevel [^2345]
console log
chdir /srv/minecraft/server-kronos
setuid root
setgid root
respawn
respawn limit 20 5
exec java -Xms1024M -Xmx1536M -jar craftbukkit.jar -o true --noconsole