A solução é redirecionar o erro (STDERR) para o arquivo junto com a saída (STDOUT). Basta fazer o seguinte:
Program &> filename
ou
Program > filename 2&>1
Se você deseja anexar o arquivo em vez de sobrescrever:
Program &>> filename
ou
Program >> filenmae 2&>1
O acima irá colocar o STDOUT e o STDERR no mesmo arquivo. Caso você queira apenas colocar o STDERR em um arquivo diferente, faça o seguinte:
Program 2> filename
para anexar o arquivo
Program 2>> filename