Uma de suas duas entradas ubuntu inicializa o Ubuntu via Shim (que então inicia o GRUB), que funciona com o Secure Boot ativado ou desativado. O outro inicializa via GRUB, mas sem o Shim; isso funciona somente se a inicialização segura estiver desativada.
Você não deve ver o menu de inicialização do firmware com as duas entradas ubuntu , a menos que você pressione uma tecla de função ou Esc no início do processo de inicialização. (Precisamente como você traz este menu varia de um computador para outro.) Assim, eu recomendo que você o deixe em paz. Você pode remover a entrada Boot0000 (que inicializa sem o Shim) ou a entrada Boot0001 (que inicializa via Shim), mas isso gera um (pequeno) risco de erro do usuário ou um bug novo e obscuro da EFI acabam criando novos problemas. Como a questão do ubuntu duplo é tanto um problema cosmético trivial quanto improvável de ser algo que você vê com muita frequência, é melhor ignorá-lo do que correr um risco pequeno de criar um problema muito maior. Além disso, a entrada removida pode ser adicionada novamente na próxima vez que uma atualização do GRUB aparecer.
Se você insistir em remover uma entrada, faça isso com efibootmgr :
sudo efibootmgr -b 0000 -B
Este exemplo remove a entrada Boot0000 ; altere 0000 conforme apropriado para remover qualquer outra entrada.