Em geral, o sistema de atualização funcionará, mas se todos dissermos "sim" à sua pergunta e o sistema não o fizer então ?! Talvez possa ser consertado, talvez não. Mas nesse momento você tem um problema que pode precisar de um formato ou uma reconstrução do seu sistema. Quem sabe.
Seu problema tem uma solução muito simples: faça um backup e verifique se você sabe como restaurar esse backup.