Asumming a partição raiz (/ partição) está instalado em uma partição separada, a resposta é não, você deve estar bem para ir! Apenas para ter certeza de dar uma olhada no arquivo fstab com o comando: cat /etc/fstab
apenas para dar um exemplo, você deve procurar algo como:
/dev/sda1 /
/dev/sda2 /home
ou
UUID=a /
UUID=b /home
onde a não é igual a b.