A CPU está com o tempo limitado se não for usada para economizar energia. Portanto, não há nada de errado com a ferramenta Apenas mostra a frequência real da CPU.
Você pode tentar executar:
openssl speed
Em seguida, você veria o primeiro núcleo para mostrar 3900 Mhz no perfil do sistema e no aplicativo Benchmark. A razão para isto é que o openssl está usando apenas um núcleo.
Você precisaria de um benchmark que usa vários núcleos para que todos os núcleos mostrem 3900 Mhz.
Se você quiser mais informações sobre sua CPU, execute: cat /proc/cpuinfo