Existem alguns estudos de caso de empresas (ou, mais comumente, agências do governo) mudando para o GNU / Linux para estações de trabalho. O mais notável seria Gendarmerie Nationale (polícia francesa) - eles têm mudou para o Ubuntu em 2009 .
Se você estiver procurando implantação em toda a empresa, recomendamos entrar em contato com Canonical (a empresa por trás do Ubuntu) que pode fornecer você toda a informação e apoio que você precisa. Existem distribuições com suporte comercial, como Red Hat Enterprise Linux (da Red Hat) ou SUSE (da Novell), e há muitos parceiros locais ou empresas independentes dedicadas ao Linux que fornecerão suporte a você.
Edit: Eu acredito que você deve dar os primeiros passos usando o software multi-plataforma com sua infra-estrutura existente - a maioria dos softwares disponíveis para o Ubuntu está disponível para o Windows também. Por exemplo, mude do MS Office para o LibreOffice (também conhecido como OpenOffice.org), e assim por diante. Dessa forma, você pode aplicar o treinamento em pequenas doses e sempre voltar facilmente se tiver algum problema.
Se você confiar em algum software somente do Windows, sem qualquer alternativa viável, o Wine pode ser uma solução, mas definitivamente não é uma bala de prata - confira Wine's AppDB ou tente CrossOver (uma contraparte comercial do Wine pela CodeWeavers, que são contribuintes do Wine).