Desde que você instalou o kernel manualmente, postar um link para as instruções que você seguiu seria útil.
Para excluir manualmente, você pode executar ls -l / boot . Normalmente, os arquivos seriam:
- abi - *
- initrd.img - *
- config - *
- System.map - *
- vmlinuz - *
Exclua esses arquivos (correspondentes a 3.16) e atualize o grub.