Se o SSD for de 64 GB ou maior, eu instalaria ambos os sistemas operacionais nele. Durante a instalação do Ubuntu na página de particionamento, você pode usar a outra opção para configurar o HD como sua pasta pessoal. Certifique-se de formatá-lo como FAT32 ou NTFS (dependendo se a sua versão do Ubuntu suporta gravação em NTFS) para que o Windows possa lê-lo. Ambos os sistemas operacionais se beneficiarão do aumento de velocidade do SSD e do espaço do HD, e seus arquivos estarão disponíveis para ambos os sistemas operacionais.
Posso confirmar que isso funciona em 12.04, mas quando tentei, as configurações de montagem eram executáveis para todos os arquivos, o que significa que você precisará alterar as opções de montagem padrão.