Mínima modificação no seu script
#!/bin/bash
cat ./listN64_full.txt | while read -r line; do
mupen64plus "$line" &
sleep 1 # Better to give a second or 2 to create the window
echo "|" # It's here because so it was...
done
Quando você executa um script é como se você escrevesse linha por linha.
É mais seguro usar read -r line
em vez de read line
.
Para executar um comando em segundo plano, você precisa colocar o &
no final da linha de comando.