Ambos usam um kernel Linux e as ferramentas GNU e ambos são originalmente baseados no Debian. Mas é isso aí. Eles são tão diferentes quanto os dois derivados do Debian podem ser.
- Gráficos diferentes (X vs Mir)
- UI diferente (Mer vs Unity 8)
- Aplicativo diferente usado (em grande parte, GTK + IIRC vs QT5 e HTML5)
- Embalagem diferente (Debs vs Deb para o sistema base e Clique para o usuário instalado)
Simplificando, eles são coisas totalmente diferentes.
Eu não diria imediatamente que é impossível executar os aplicativos do outro, mas não sei por onde começar.
- Os aplicativos Maemo são, em grande parte, apenas aplicativos padrão do Linux (compilados para o processador do n900). Isto é o que tornou o N900 tão incrível - a maior parte do repositório Debian estava disponível.
- Os aplicativos do Ubuntu Touch parecem ser criados em torno do Ubuntu Touch API. Isso naturalmente não estará disponível para o Maemo, mas eu acho que poderia ser portado.