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Uma coisa que você pode tentar é instalar o pacote ibus-m17n e relogar. Ao fazê-lo adiciona a opção hebraico (kbd (m17n)) à lista de fontes de entrada disponíveis, e parece funcionar bem no meu 14.04.
Editar:
Obrigado por editar a pergunta e esclarecer a natureza do problema. Não sei dizer por que o Ctrl + Space não funciona para você; funciona para mim. E se você tentar outra coisa, por exemplo? o padrão Super + Espaço ?