Sugiro o comando genisoimage ou mkisofs com as opções -b e -no-emul-boot .
Eu tentei com a opção -b como se fosse o seguinte comando.
genisoimage -no-emul-boot -b bootcode.bin -o test.iso testdir
Eu fiz referência a isso na página man do genisoimage. Além disso, você pode vê-lo com o comando que man genisoimage .